몽골과의 항전이 점점 어려워지자 고려는 강화해야 한다는 주장이 제기되었다. 하지만 최씨정권은 항전을 고집하면서 권력을 유지하고자 하였다. 이에 강화파 문신들이 정변을 일으켜 최씨 정권을 무너뜨리고 몽골과 강화를 성립시켰다.

  고려는 최씨정권 붕괴 이후에도 무신정권이 더 연장되었다. 이들은 강화도에서 개경환도를 거부하고 몽골과의 재대결을 주장하였다. 원종은 몽골 군대를 앞세워 무신정권을 종식시키고 왕정을 회복하였다.

  그러자 무신정권의 무력기반이었던 삼별초가 반란을 일으켰다. 이들은 진도와 제주도를 근거로 3년동안 항쟁을 벌였으나 결국 몽골-고려 연합군에 의해 진압되었다.

삼별초의 항쟁은 고려 대몽골항전의 최후를 장식한 것으로서 그 후 고려는 14세기 중반까지 원나라의 간섭에 시달렸다.

* 원종(1219년~1274년) : 고려 제24대 국왕, 재위: 1259년~1274년
* 삼별초 : 최씨 무신정권기의 최우가 도적을 단속하기 위하여 밤에 순찰을 시키고자 야별초(夜別抄)를 편성하였다. 뒤에 도적이 전국에서 일어나자 야별초를 각 지방에 보내 막도록 했는데, 그에 따라 야별초 군사가 많아졌으므로 좌별초(左別抄)와 우별초(右別抄)로 나누었다. 또한 몽골에서 도망해 온 사람들을 모아 편성한 부대를 신의군(神義軍)이라 하였다. 이렇게 3개의 별초군(別抄軍)을 삼별초라 하였다