인도네시아 대학살은 1965년 9월 30일 [3]인도네시아 공산당 쿠데타 미수로 인한 반등으로 반공주의의 기치아래 공산당 구성원을 대상으로 대규모 학살이 자행되었다.
이 사건으로 사망자 추정치는 50만 명이라 하고 있지만 시간이 지나면서 2백만 명에서 3백만 명까지 늘어나고 있다.
이후 인도네시아는 초대 대통령 [2]수카르노가 실각되고 그 뒤를 이어 [1]수하르토가 대통령이 되면서 30년 독재가 시작되었다.
 
공산주의 확산을 우려하고 있던 미국과 영국은 인도네시아 군부에 무기 및 재정지원 한 바 있음에도 불구하고 의혹을 부정하고 있다.
 
학살은 1965년 10월 수도 자카르타에서 시작되어 중부 및 동부 자바섬 전체로 퍼져나갔고, 이 후 발리섬에서도 지역 자경단과 육군부대가 실제 공산당회원과 공산당 회원으로 추정되면 학살을 자행했다.
이러한 잔학 행위는 당시 육군  [1]수하르토 휘하의 인도네시아 군대에 의해 주도되었다. 
쿠데타 미수 사건은 인도네시아 전체에 누적된 공동체적 긴장과 증오를 불러일으켰다.  육군지도부는 이를 이용하여 공산주의자들을 악당으로 규정했으며, 반공주의에 고취된 민간인들도 학살에 가담했다.
 
1967년 3월 [2]수카르노는 의회에서 실각되고 [1]수하르토가 대통령 권한대행으로 임명되었다.1968년 3월 [1]수하르토가 공식적으로 대통령에 당선됐다.
 
30여년간 지속된 수하르토 정권하에서 1965년 학살에 대한 진상 규명이 이루어지지 않았으며 언급자체가 금기시되었다. 
2008년 1월 27일 숨을 거둔 수하르토는 끝내 학살 피해자들에게 사과하지 않았다. 현재까지 인도네시아 어느 정부도 사과하지 않았다.
 
[1] 수하르토(Suharto, 1921년~2008년) : 인도네시아의 제2대 대통령(재임, 1967년 3월 12일~1998년 5월 21일)
[2] 수카르노(Sukarno, 1901년~1970년) : 인도네시아의 제1대 대통령(재임, 1945년 8월 18일~1967년 3월 12일), 네덜란드 점령기 독립운동가
[3] 인도네시아 공산당(Partai Komunis Indonesia, PKI, 1914–1966) : 네덜란드령 동인도 시대부터 인도네시아 공화국 수카르노 집권기까지 반세기에 걸쳐 활동했던 인도네시아의 공산주의 정당