1965년 9월 30일 [3]인도네시아 공산당이 인도네시아의 최고 군 장군 6명을 체포하고 처형했다. 그리고 [2]수카르노의 수호자라고 선언했다.  처형 이후  자카르타의 메르데카 광장과 대통령궁을 점거했다.
하지만 이 쿠데타는 그당시 육군전략사령관이었던 [1]수하르토에 의해 진압돼 실패로 끝나고 만다. 이후 [1]수하르토는 권력을 장악하는 과정에서 공산주의자들과 친 [2]수카르노 인사등에 대해 대규모 학살을 자행했다. 
이 학살 사건으로 사망자 추정치는 50만 명이라 하고 있지만 시간이 지나면서 2백만 명에서 3백만 명까지 늘어나고 있다.
 
1967년 3월 [2]수카르노는 의회에서 실각되고 [1]수하르토가 대통령 권한대행으로 임명되었다.1968년 3월 수하르토가 공식적으로 대통령에 당선됐다. 30년간 독재가 시작되었다
 
쿠데타는 수하르토를 비롯한 군부 세력에 의해 조작됐다는 의혹이 매우 많다. 사건이라는 게 고작 7명 정도의 몇몇 고위 장성들을 암살한 것에 불과하며, 인도네시아 공산당의 쿠데타가 고작 하루 만에 순식간에 진압당하는 게 불가능했다는 것이다.  또한 당시 동남아시아에 퍼져가던 공산세력을 막기 위한 미국과 영국의 정치적 공작일 것이라는 주장도 있다.
 
[1] 수하르토(Suharto, 1921년~2008년) : 인도네시아의 제2대 대통령(재임, 1967년 3월 12일~1998년 5월 21일)
[2] 수카르노(Sukarno, 1901년~1970년) : 인도네시아의 제1대 대통령(재임, 1945년 8월 18일~1967년 3월 12일), 네덜란드 점령기 독립운동가
[3] 인도네시아 공산당(Partai Komunis Indonesia, PKI, 1914–1966) : 네덜란드령 동인도 시대부터 인도네시아 공화국 수카르노 집권기까지 반세기에 걸쳐 활동했던 인도네시아의 공산주의 정당